사학기관 경영평가는 사립학교와 사립학교를 경영하는 도내 학교법인에 대하여 법인 운영에서부터 경영학교의 인사, 재무 등 학교 운영 전반에 대한 평가를 통해 사학기관의 경쟁력을 높이기 위한 것이다.

경영평가는 크게 4개의 평가영역(법인, 인사, 재무, 기타)으로 나누어 실시하였으며 법인 수익발생 대비 법정부담금 부담실적을 포함 총 20개 평가지표(230점)로 구성되었다.

2019년 3월부터 2021년 2월까지의 기간 중 도내 10개 학교법인의 운영실적을 평가한 결과, 제주중앙고등학교를 경영하는 천마학원이 158.5점으로 1위를 차지하였고, 신성학원이 2위를 차지하였다.

도교육청 관계자에 따르면“천마학원이 법정부담금, 교원인사위원회 운영(교원위탁 채용 등)에 적극적으로 참여한 것이 1위를 하는데 큰 영향을 미친 것 같다”고 하면서,“교육청에서는 사학기관의 정관개정을 통해 교원인사위원회 운영, 학교운영위원회 교원위원 선출, 개방이사추천위원회 운영 등 그간 사학기관의 경영 투명성 제고에 노력하여 왔다”고 하였다.

한편 사학기관 경영평가는 격년제로 실시하며 2023년에 다시 실시할 계획이고, 전국 17개 시·도교육청 중 15개 시도교육청에서 실시하고 있다.