자동차세 연납제도는 6월과 12월에 부과되는 자동차세를 1월에 미리 납부하면 납부세액의 9.15%를 공제해 주는 제도이다. 3, 6, 9월에도 연납을 신청할 수 있으나, 세액공제 혜택은 3월 납부 시 7.5%, 6월 납부 시 5%, 9월 납부 시 2.5%로 점차 줄어든다.

연납은 군청 재무과와 읍·면사무소 또는 위택스를 통해 신청할 수 있다. 기존의 연납 신청이 된 차량은 군에서 납세 고지서를 일괄 발송할 예정이므로 별도의 신청을 하지 않아도 된다. 단, 자동차를 새로 취득한 경우에는 연납신청을 다시 해야 한다.

한편, 연납 후에 차량을 이전하거나 말소할 경우 소유 기간을 제외한 미사용일 수의 세액이 환급 처리된다. 연납 신청 후에 납부하지 않으면 6월과 12월에 정기분 자동차세가 부과된다.